27 октября 2009 года Федеральная антимонопольная служба (ФАС России) оштрафовала ОАО «НК «Роснефть» на 5 280 409 387 рублей за злоупотребление доминирующим положением на оптовом рынке нефтепродуктов в первой половине 2009 года.
29 июля 2009 года ФАС России признала, что ОАО «НК «Роснефть» нарушило часть 1 статьи 10 закона о защите конкуренции. Нарушение выразилось в злоупотреблении доминирующим положением, в частности, в изъятии товара из обращения, приведшем к росту цен в оптовом сегменте рынка нефтепродуктов, создании дискриминационных условий при реализации нефтепродуктов отдельным контрагентам. Результатом этих действий явилось ограничение конкуренции и ущемление интересов других лиц.
Нарушения были зафиксированы на рынках автомобильных бензинов, дизельного топлива и авиационного керосина в первой половине 2009 года.
Территориальные управления ФАС России в 2008-2009 годах также возбудили ряд дел в отношении нефтяных компаний в регионах по признакам нарушения антимонопольного законодательства, в том числе дочерних обществ ОАО «НК «Роснефть». Всего в этот период было возбуждено около 200 таких дел, по большинству из них уже вынесены решения о признании фактов нарушения. Компании оспаривают в судах решения антимонопольных органов, однако, отмечается положительная для антимонопольной службы судебная практика. Более 10 решений были подтверждены судами трех инстанций, десятки других — судами первой и апелляционной инстанций, остальные находятся на стадии судебных разбирательств.