Президиум Высшего арбитражного суда признал право «Транснефти» на возврат из бюджета 1,49 миллиарда рублей, уплаченных компанией в качестве налога на добавленную стоимость (НДС) в августе 2007 года. Тем самым суд отменил постановление Федерального арбитражного суда Московского округа и оставил в силе решение Арбитражного суда Москвы и постановление Девятого арбитражного апелляционного суда.

С заявлением об отмене постановления ФАСМО в ВАС обратилось ОАО «Акционерная компания по транспорту нефти «Транснефть».

Как следует из материалов суда, компания-заявитель «на основании договоров, заключенных с организациями, реализующими нефть иностранным покупателям, оказывала им услуги по транспортировке вывозимой за пределы РФ нефти двумя способами: первый — по системе магистрального трубопровода непосредственно до получателя товара на территории иностранных государств; второй — также магистральным трубопроводом, но только до морских портов на территории РФ».

Услуги по транспортировке нефти «Транснефть» приобретала у дочерних организаций, с которыми рассчитывалась на основании выставленных ими счетов-фактур с расчетом НДС по налоговой ставке 18%. Но поскольку транспортировка нефти на экспорт освобождается от налогообложения на добавленную стоимость, компания обратилась в МИФНС за налоговым вычетом.

Своим решением налоговый орган применил ставку 0% для той части нефти, которая транспортировалась непосредственно за пределы РФ, а для второй части оставил ставку 18%, пишет РИА Новости.

«Транснефть» обжаловала это решение в суде. Решением Арбитражного суда Москвы от 28 августа 2008 года требования компании о возмещении из бюджета указанных сумм НДС были удовлетворены.

Постановлением Девятого арбитражного апелляционного суда от 10 ноября 2008 года решение суда первой инстанции оставлено без изменения. Однако ФАСМО постановлением от 12 мая 2009 года судебные акты отменил и в удовлетворении требований «Транснефти» отказал. Тогда компания обжаловала это решение кассационной инстанции в ВАС.

В материалах Высшего арбитражного суда говорится, что «коллегия судей ВАС пришла к выводу о передаче дела в Президиум ВАС для пересмотра обжалуемого судебного акта в порядке надзора в части, касающейся отказа обществу в применении налоговой ставки 0% по налогу на добавленную стоимость по реализации обществом «Транснефть» услуг по организации и обеспечению транспортировки нефти магистральным трубопроводом до российских портов».