В 1996 году одним из основных условий предоставления России кредита МВФ в размере $10,2 млрд была отмена экспортная пошлина на нефть и газ. С 1 июля пошлины были отменены. Правительство попыталось компенсировать потери (эксперты сравнивали их с размером кредита) повышением акцизов на энергоносители и налога на их транспортировку. В январе 1999 года «в целях стабилизации экономической ситуации и повышения доходов бюджета» пошлины вернули.

В 2003 году еврокомиссар по вопросам торговли Паскаль Лами называл снятие пошлин на экспорт энергоносителей одним из условий вступления страны в ВТО. Президент Владимир Путин в ответ обвинил «бюрократов из ЕС» в затягивании переговоров.

В 2009 году ОЭСР рекомендовала правительству РФ отказаться от экспортной пошлины на нефть, сделав налогообложение отрасли более удобным для разработки новых проектов. Российские чиновники ответили, что отказ от пошлины невозможен даже в среднесрочной перспективе.

В 2011 году эксперты рабочей группы по коррекции Стратегии-2020 предложили рассмотреть возможность отмены пошлин на нефть. Взамен предлагалось повысить налог на добычу полезных ископаемых и акцизы, а также ввести налог на выброс CO2. Замминистра финансов Сергей Шаталов позже сказал, что пошлины на экспорт нефти будут отменены не раньше 2020 года.

В том же году Минэнерго в целях стимулирования добычи на новых месторождениях поддержало идею обнуления экспортных пошлин на нефть с шельфов Каспия и Арктики. С 2010 года инициативу лоббировали ЛУКОЙЛ и другие нефтекомпании. 30 сентября 2013 года принят закон об обнулении пошлины на нефть, полученную при разработке новых морских месторождений.